Aus wissenschaftlicher Sicht ist die Verwendung von Efuels nicht hilfreich. Zu diesem Ergebnis kommt das Fraunhofer-Institut für System- und Innovationsforschung (ISI). Das Ergebnis, zu dem die Forscher aus Karlsruhe in ihrem Diskussionspapierkommen, dürfte der FDP nicht gefallen: So müsste allein für die Herstellung der künstlichen Kraftstoffe die weltweite Stromproduktion gegenüber gegenüber heute verdoppelt werden. Zumal seien die Umwandlungsverluste mit einem Faktor 5 deutlich zu hoch.
Andere Nachteile sind günstigere Alternativen, die fragwürdige Umweltbilanz und das die Technik ein mögliches Hindernis auf dem Weg zur Verkehrswende werden könnte. Der Einsatz solcher Treibstoffe sollte Industrien vorbehalten bleiben, die ökologisch günstigere Energiespeicher nicht nutzen können. Dazu gehören beispielsweise die Luftfahrt und die Stahlindustrie. Da hier eine ausreichende Nachfrage zu erwarten sei, müsse man die Entwicklung dieser Technologien auch nicht gesondert fördern.